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潰瘍性⼤腸炎は、直腸の粘膜や粘膜下層に傷やただれが生じ、炎症が起こっている状態のことを言います。症状としては下痢や腹痛、血便（粘血便）などがあらわれます。現段階で明確な発症の原因は明らかになっていません。近年日本では潰瘍性大腸炎の罹患率は上昇しており、特に20〜40代の患者数が多くなっています。

クローン病は消化管の粘膜に原因不明の炎症が生じる疾患です。炎症は口から食道、胃、十二指腸にいたり得ます。潰瘍性大腸炎と違い、クローン病の場合、小腸や大腸の炎症のみならず、口や食道、胃、十二指腸にも炎症が起こる可能性があります。また、クローン病の炎症は粘膜だけでなく、さらに奥深く腸壁までおよびやすく、潰瘍性大腸炎に比べ腸管の合併症の発症率が上がります。日本では、10～20代の患者数が多くなっています。

クローン病も潰瘍性大腸炎と同様に発症する正確な原因はわかっていません。
近年の研究では遺伝的素因や生活習慣（食事、喫煙）などのさまざまな要素が絡み合い免疫異常が引き起こされてクローン病が発症するのではないかと考えられています。